Unit Kegiatan Mahasiswa merupakan organisasi kemahasiswaan di tingkat Universitas yang fungsinya menampung berbagai minat dan bakat dari para mahasiswa UMS. Unit Kegiatan Mahasiswa tersebut antara lain:
Organisasi Mahasiswa Universitas
- Koordinator Komisariat Ikatan Mahasiswa Muhammadiyah (Korkom IMM)
- Dewan Perwakilan Mahasiswa Universitas (DPMU)
- Badan Eksekutif Mahasiswa Universitas (BEMU)
UKM Bidang Penerbitan
- Buletin Ar Rasail
- Buletin Campus
- Buletin Pabelan/Koran Pabelan
UKM Bidang Olah Raga
- Bola Basket
- Volley ball
- Bulutangkis
- Sepakbola
- Futsal
UKM Bidang Beladiri
- Unit Tapak Suci
- Unit Lemkari
- Unit Kempo
- Unit Taek won Do
UKM Bidang Kesenian
- Marching Band
- Paduan Suara
- Unit Seni dan Film (USF)
UKM Bidang Khusus
- Korp Mahasiswa Siaga (KMS)
- Racana Ki /Nyi Ahmad Dahlan
- Jamaah Masjid Fadlurrahman (JMF)
- Koperasi Mahasiswa (Kopma)
- MUEC
- RAPMA
- Mahasiswa Muslim Pecinta Alam (Malimpa)
- MPQ (Mahasiswa Pecinta Quran)
- MEDS (Debat Bahasa Inggris)
- Debat Bahasa Arab
- Hisbul Wathan
